В 1988 году в Питсбурге штат Пенсильвания образовалась группа под названием Anti-Flag ,в первоначальный сстав которого входили Джастин Сэйн, Пэт Тетик, Люси Фестер.В 1989 году с постоянной сменой участников группы, они взяли перерыв успев дать только один концерт.
И так в 1993 году Джастин Сэйн и Пэт Тетик собирают новый состав группы , и в 1996 году выпускают свой дебютный альбом под названием Die for the Government.Летом 1996 года по ричине творческих разногласий из группы уходит Энди Райт. В концк концов 1999 год для Anti-Flag стал приобразованием классического состава группы в которую входили Джастин Сэйн, Крис Баркер, Крис Хэд и Пет Теттик.
A New Kind of Army альбом который вышел в 1999 году, В котором группа пела о расизме , коррупции и многих других социальных темах.После этого альбома группе приходить предложение от их них коллег Rage Against The Machine , в которой предлогалось сиграть с ними несколько концертов, в 2002 году группу пригашают принять участие в туре Vans Warped Tour , во время которого они знакомятся с Майком Беркетттом из группы, NOFX , который является совладельцем звукозаписывающей компании Fat Wreck Chords, в следствии этого несколько альбомов группы выходит под этим лейблом.В скором времени Anti-Flag образовывает свою звукозаписывающюю команию котая носит имя A-F Records, записывались такие рок и панк группы , как The Code, Much the Same, The Vacancy, The Unseen, Modey Lemon и многие другие.
Следующим альбомом группы стал Underground Network в 2001 году, продюсером которого стал, очень известный человек в мире пнк-рока Масс Джиорджини. Альбом содержал открытый, текст в котором критиковалась внешняя политика США. В 2002 году группа под собственным лейблом выпускает альбом в котором содержатся студийные и концертные записи, назвали его Mobilize. В 2003 году выходит альбом The Terror State в котором содержится жёсткая критика политики администрации Джорджа Буша это привело к тому ,что большинство музыкальных сетей отказывается распространять альбомы группы. Однако альбом всётаки выходит в свет, после чего посыпалась куча обвинений в антиамериканизме и не патриотичности .
В марте 2008 года группа выступала с концертом в России , по городам Москва и Санкт-Питербург.